补充协议是否受法律保护需视情况而定。依据《合同法》，若补充协议真实且合法，则有效并受保护；反之则无效。无效协议可能导致权益受损，无法律保障。
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处理补充协议问题，常见方式有协商、诉讼或仲裁。应根据协议内容、双方关系及争议大小选择。协商不成时，可考虑诉讼或仲裁以维护权益。
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补充协议需审慎。有效协议应真实合法，双方需明确内容并签字。争议时，先尝试协商；协商无果，可诉讼或仲裁，需准备证据材料。