非法占用集体灌溉水渠，应责令退还并恢复原状或罚款。依据《土地管理法》，非法占地需退还，违规划拆除，合规划没收并罚款，否则将影响水资源分配，造成灌溉困难。
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非法占用灌溉水渠需处理。具体操作：1.立即责令退还非法占地；2.违规划，限期拆除并恢复水渠原状；3.合规划，没收占地建筑物，并处以罚款，确保水渠功能不受影响。
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处理非法占用灌溉水渠，常见方式为责令退还、拆除或没收加罚款。选择方式需依据占用情况与规划相符度决定，违规划则拆除，合规划则没收并罚款。